во все таблицы чем создавать копию всех таблиц с префиксом для каждого города. Такой подход позволит создавать создавать новые города лишь добавлением субдомена.
С другой стороны, если база данных очень очень большая, то лучше использовать префиксы.
Хорошее решение предложили на самом деле, спасибо! Более масштабируемо получается при таком подходе.
А в плане организации самой мульти-сайтовости хотел посоветоваться: лучше поднимать отдельные приложения для поддомена или же разделить логику сайта на "псевдо"-домены (аля параметризация хостов)?