Yii arbeitet mit dem Model-View-Controller Pattern, lies dich in die Grundlagen mal ein und guck dir die Grafiken an.
Das Diagramm zur statischen Struktur zeigt ganz klar, erst immer die index.php aufrufen, die gibt die Informationen weiter an die Anwendung, dann an die Controller, hier wird ein Controller bestimmt der dann eine Action-Methode ausgewählt die eine View wie deine protected\views\layouts\main.php rendert und im Browser anzeigt.