Hoje me deparei com este problema que aposto que muitos já tiveram ou ainda vão ter, como não achei nada em português e tive que rodar em bastante sites gringos para achar a solução, vou postar aqui.
Basicamente vamos fazer com que todo javascript do site seja carregado sempre no final da página ou seja antes de fechar a tag <body>.
Para fazer isso basta abrir o arquivo main.php que se encontra na pasta protected/config e adicionar o seguinte dentro da array [size="2"]components.[/size]
Então estava tentando rodar um Plugin jQuery e não funcionava de jeito nenhum, acredito que seja porque o Plugin tentava rodar mas o HTML não estava todo carregado portanto não funcionava… Então pensei, então é so por o código dentro do ’
[size=2]window.onload[/size]’, mas sem sucesso por fim a única coisa que solucionou meu problema foi jogar os JS tudo pra carregar no fim da página.