Задачу решил, модуль подключается методом setModule, далее - если подключаемый модуль определяет интерфейс BootstrapInterface, нужно вызвать метод bootstrap().
class ModuleManager extends Component implements BootstrapInterface
{
public function bootstrap($app)
{
...
Yii::$app->setModule('node', [
'class' => 'app\modules\node\Node',
]);
Yii::$app->getModule('news')->bootstrap(Yii::$app);
...