Проблема в том что попадая на под домен все ссылки начинают генериться на него, было example.com/site/index стало <user>.example.com/site index, то есть как сделать что бы "основные ссылки" оставались на "корневой" домен example.com
Есть выход использовать все остальные правила например так
Так до Yii даже дело не доходит (урлы, кстати, формируются нормально), я так понял или htaccess надо ковырять или апач. Но пока не разбирался, если кто подскажет - буду очень признателен.