Один ко многим (HAS_MANY). В Articles поле chain_id - это номер цепочки, для того что бы можно было быстро выбрать все комментарии к статье. Таблицы я специально упростил, а так в Comments не хватает полей организующих дерево комментариев.
Вы думаете это недостаток Yii или все-же достоинство формы рук!?
UPD: а вообще вы можете попробывать отнаследоваться от CActiveRelation (CBelongsToRelation/CHasOneRelation) и написать свой тип связки, который будет принимать в качестве проперти ключи для связывания, как в родительской, так и в связываемой модели…