Не уверен, но возможно кому-то поможет.
Стандартный компонент "MainMenu" работает слегка некорректно - неправильно добавляет класс active для элементов типа r=site/show&id=1.
Для того чтобы это работало необходимо в файле MainMenu.php строку
$pattern=isset($item['pattern'])?$item['pattern']:$item['url'];
поднять выше
if(is_array($item['url']))...