Il file che viene usato dal log è indicato nel file di configurazione. Puoi metterti in mezzo e far eseguire la tua classe anziché quella di Yii. A quel punto puoi salvare tutti i log che vuoi nel database. A dire il vero c’è già CDbLogRoute che fa questo sforzo al posto di chi volesse reinventarsi la ruota.
Li devi decidere tu. Nel senso che nel codice puoi loggare tante categorie e tanti livelli a tuo piacimento. Poi nella configurazione indichi quelli che devono essere effettivamente loggati. Questo perché può anche darsi che tu tappezzi tutto il tuo codice di log, ma che poi ne voglia salvare solo una categoria ben precisa nel tuo database.
I log di apache sono competenza di apache, quelli di Yii sono competenza di Yii. Apache fa già i suoi log, devi solo capire come interrogarli, ma se ti trovi in ambiente unix like, cat e grep ti bastano e ti avanzano.