Yo conseguí instalar el Yii 2 en un shared hosting sin problemas. Lo único que tuve que cambiar el nombre de la carpeta ‘web’ por ‘public_html’.
Un VPS en teoría debería ser lo mismo. Eso sí, le tienes que cambiar el document root en los virtual hosts de apache para que apunte la carpeta ‘web’ de Yii 2.
Muchas gracias por la respuesta. Siempre es de ayuda.
No obstante conseguí realizar la instalación avanzada en el VPS de otra manera, en cuanto tenga un poco de tiempo, subiré a este mismo post, los pasos a seguir.