Поменяйте controllerPath и контроллеры будут генерироватся в него, как по другому, к сожалению незнаю. С моделями проще, там с помощью алиасов можно выставить путь.
С вью файлами наверное также, с выставленным viewPath точно так же генерируется куда нужно.
Сами шаблоны лежат тут framework/gii/generators, но можно выставить и путь к своим шаблонам.