Зачем CArrayDataProvider если с это все можно реализовать с помощью CActiveDataProvider?
Если я правильно понимаю то сначала в модели таблицы tbl_auto нужно указать реляцию
    
public function relations() {
  return array(
    'modelFiles' => array(self::MANY_MANY, 'File', 'tbl_model_file(id_auto, if_file)'),
  );
}
Потом создал бы в модели машин следующее:
    public function search() {
        $criteria = new CDbCriteria;
        $criteria->with = array('modelFiles');
        $criteria->together = true;
        $criteria->compare('t.id_auto', $this->id_auto);
        $criteria->compare('modelFiles.id_file', $this->id_file);
        return new CActiveDataProvider($this, array(
            'criteria' => $criteria
        ));
    }
Сортировка будет и по файлам, ну а вдруг 
 тогда надо в модели машин прописать ещё:
public $id_file
и в rules модели внести её.
Ну и теперь вызвать все это в контроллере:
        $model = new Auto('search');
        $model->unsetAttributes();
        if (isset($_GET['Auto'])) {
            $model->attributes = $_GET['Auto'];
        }
        $this->render('index', array(
            'model' => $model,
        ));
И вьюха:
<?php
$this->widget('zii.widgets.grid.CGridView', array(
    'dataProvider' => $model->search(),
    'filter' => $model,
    'columns' => array(
        array(
            'name' => 'id_auto',
            'type' => 'raw',
            'value' => '$data->name_auto',
            'filter' => CHtml::dropDownList('Auto[id_auto]', 
                 $this->id_auto, CHtml::ListData(Auto::model()->findAll(), 'id_auto', 'name_auto'),
                 array('empty'=>'Все')),
        ),
        array(
            'name' => 'id_file',
            'type' => 'raw',
            'value' => '$data->getRelatedFiles()',
            'filter' => CHtml::dropDownList('Auto[id_file]', 
                 $this->id_file, CHtml::ListData(File::model()->findAll(), 'id_file', 'name_file'),
                 array('empty'=>'Все')),
        )
    ),
    ));
?>
Ну ещё теперь в модели надо будет добавить следующее:
    public function getRelatedFiles() {
        $arr = array();
        foreach ($this->modelFiles as $file){
            $arr[] = $file->name_file;
        }
        return implode(',<BR>', $arr);
    }
Возможно будет выводить по 1 файлу, тогда надо будет чуть переделать функцию, попробуй пока так.
Ещё проверь названия полей и моделей, писал свои т.к. твою структуру таблиц я не знаю.
Если все же заработает тогда надо будет переделать вывод значений для dropDown в гриде, findAll не очень вариант 