Creo que necesitarás herramientas externas a Yii para eso. ¿En que ambiente corre la aplicación, Linux o Windows? Partiendo de ahí busca herramientas que hagan backup al filesystem para la aplicación y backup específicamente para la base de datos porque usualmente un backup del filesystem no te servirá a menos que sea para "disaster recovery".
Ahora mismo correo sobre servidor windows en un xampp server, hacer backups programadas de carpetas si que lo he usado alguna vez, pero para mysql no, hay alguno asi "especialmente" recomendable?