хех… у меня тоже есть AjaxController))) Это абстрактный класс, то есть не используется напрямик и вообще находится в компонентах. Он расширяет стандартный CController полезным функционалом, и наследуется всеми контроллерами, где необходима работа с аджаксом.
[*]Делаю js-файлы и подключаю там, где необходим ajax: в каждом файле функция, которая проставляет onclick, onchange, …
[*]В конце необходимых экшенов добавляю проверку Yii::app()->request->isAjaxRequest и, в зависимости от результата проверки, выдаю либо данные в json-формате, либо html
[/list]
Пока все гладко
Забыл добавить: а вообще все зависит от конкретной ситуации
Я ajax экшины оставляю в тех контроллерах к которым они относятся. Так проще искать в принципе где надо менять код, да и вобще мне кажется красивее. Просто суфикс делаю после "_a" к примеру getAllUsers_a()